كشف المؤرخون عن مكان لقاء سيدنا موسى عليه السلام مع الخضر والذي يُسمّى بمجمع البحرين؛ ويتواجد في منطقة رأس محمد بشرم الشيخ في سيناء تحديدًا، وهي نقطة إلتقاء خليج السويس بخليج العقبة.

كان موسى خطيبًا في بني إسرائيل مذكرًا لهم بأيام الله فتم سؤاله: أي الناس أعلم؟ قال: أنا، فعتب الله عليه وأوحى إليه أن لها عبدًا بمجمع البحرين في عدن، فقال موسى: يا رب، كيف يكون لي بها فقال: تأخذ معك حوتًا فتجعله في "مكتل"، وحيث فقدت الحوت فهو هناك، فانطلق مع فتى حتى إذا أتيا بصخرة وناما، فعاد الحوت حيًا وسقط في البحر متخذًا سربًا وأمسك الله عن الحوت جرية الماء.

في اليوم التالي، تابع موسى السير مع فتاة، حتى إذا تبعا قال آتنا غداءنا لقد لقينا من سفرنا تعبًا ونصبًا، ولما همّ أن يقدم الفتى الغداء، تذكر ما كان من أمر الحوت، وأنه قد تسرب إلى الماء وكان البحر للحوت سربًا ولموسى وفتاه عجبًا، فعادا إلى مكان الصخرة فوجدا رجلًا مغطى بالثياب، سلم عليه موسى، وقال له الخضر: وإني بأرضك السلام، ثم قال: أنا موسى بني إسرائيل، أتيتك لتعلمني ما علمت رشدًا، فأجابه بأنه لن يستطيع معه صبرًا، وقال له: يا موسى، إنني على علم من الله علمنيه لا تعلمه أنت وأنت على علم علمه الله لا أعلمه، أنا أظهر له موسى بعد ذلك استعدادًا لالتزام الطاعة والصبر، وشرط عليه الخضر أن لا يسأله عن شيء حتى يخبره، فانطلق الإثنان يمشيان على ساحل البحر، فمرت سفينة فحملوهما بغير أجر لمعرفتهم الخضر، تفاجأ موسى بخلع الخضر لوحة من السفينة بالقدوم، فاعترض موسى بأنه عرض السفينة للغرق، فقام الخضر بتذكيره بالعهد بأن لا يسأله شيئا، اعتذر له موسى عما بدر منه من نسيان، وجاء عصفور على حرف السفينة فنقر في البحر نقرة.

فقال له الخضر: ما علمي وعلمك من علم الله إلا مثل ما نقض هذا العصفور من هذا البحر، خرج موسى والخضر من السفينة ومشيا على الساحل فوجد الخضر غلامًا يلعب مع الغلمان فقتله، فتعجب موسى من ذلك وأنكر فعلته إنكارًا شديدًا، فعاد الخضر وذكره بالعهد واعتذر منه موسى مرة أخرى، انطلق الإثنان واستكملا مسيرتهما إلى أن أتيا قرية، فأبوا ضيافتهما ووجدا جدارًا آيلًا إلى السقوط فأقامه الخضر.

فقال له موسى: لو طلبت أجرًا على عملك هذا، ففارقه ثم أخبره عن أسباب الحوادث الثلاث فقال له عندما قمت بتعييب السفينة فقد كان ذلك إنقاذًا لها من غضب ملك ظالم يغتصب كل سفينة صالحة جيدة، فكان في ظاهر عملي الفساد رغم أن في باطنه الرحمة، وأما قتل الغلام فقد كان حفظًا لدين والديه الصالحين من انحرافه وكفره وطغيانه، خشية من ميلهما إليه بدافع حب الابن، وأن الله سيعوضهما خيرًا منه، أما عن إعادة بناء الجدار، فأردت أن أحافظ في ذلك على كنز ليتيمين صغيرين من أب صالح وأصل كريم، ليستخرجاه عندما يبلغا أشدهما، ومن ثم أعلن الخضر لموسى أنه لم يفعل ذلك بعلمه ولا برأيه، وإنما كان ذلك بعلم الله وإلهامه.