تختص هيئة الرقابة الإدارية طبقاً لقانون إنشائها رقم" 54 لسنة 1964،" بالبحث وتحرى أسـباب القصور فى العمل والإنتاج واقتراح وسائل تلافيها، والكشف عن عيوب النظم الإدارية والفنية والمالية التي تعرقل السير المنتظم للأجهزة العامة واقتراح وسائل تلافيها، متابعة تنفيذ القوانين والتأكد من أن القرارات واللوائح والأنظمة السارية وافيه لتحقيق الغرض منها، الكشف عن المخالفات الإدارية والمالية والفنية التي تقع من العاملين أثناء مباشرتهم لواجبات وظائفهم أو بسببها، كشف وضبط الجرائم الجنائية التي تقع من غير العاملين والتي تستهدف المساس بسلامة أداء واجبات الوظيفة أو الخدمة العامة، والبحث الشكاوى التي يقدمها المواطنون عن مخالفة القوانين أو الإهمال في أداء واجبات الوظيفة ومقترحاتهم فيما يترائي لهم أو يلمسونه بقصد تحسين الخدمات وانتظام سير العمل وسرعة إنجازه، ودراســة مــا تنشــره الصحافــة مـــن شكــــاوى أو تحقيقات صحفية تتناول نواحي الإهمال أو الاستهتار أو سوء الإدارة أو الاستغلال وكذلك ما تتعرض له وسائل الإعلام المختلفة في هذه النواحي، ومد رئيس الوزراء والوزراء والمحافظين بأية بيانات أو معلومات أو دراسات يطلبونها منها. 

كذلك معاونة الجهاز الحكومي والهيئات العامة وقطاع الأعمال العام في التحري عن شاغلي وظائف الإدارة العليا والمرشحين لنيل الأوسمة والنياشين، والتحري عن حالات الكسب غير المشروع تنفيذاً لقانون الكسب غير المشروع وبناءً على ما تقرره هيئات الفحص والتحقيق بإدارة الكسب غير المشروع، التحري عن العمليات المالية التي تختص هيئة الرقابة الإدارية طبقاً  لقانون إنشائها رقم 54 لسنة بالبحث، وتحرى أسـباب القصور في العمل والإنتاج واقتراح وسائل تلافيها، الكشف عن عيوب النظم الإدارية والفنية والمالية التي تعرقل السير المنتظم للأجهزة العامة واقتراح وسائل تلافيها، ومتابعة تنفيذ القوانين والتأكد من أن القرارات، واللوائح والأنظمة السارية وافيه لتحقيق الغرض منها الكشف عن المخالفات الإدارية والمالية والفنية التي تقع من العاملين أثناء مباشرتهم لواجبات وظائفهم أو بسببها، وكشف وضبط الجرائم الجنائية التي تقع من غير العاملين والتي تستهدف المساس  بسلامة أداء واجبات الوظيفة أو الخدمة العامة، بحث الشكاوى التي يقدمها المواطنون عن مخالفة القوانين أو الإهمال في أداء واجبات الوظيفة ومقترحاتهم فيما يترائي لهم أو يلمسونه بقصد تحسين الخدمات وانتظام سير العمل وسرعة إنجازه، بحــث ودراســة مــا تنشــره الصحافــة مـــن شكــــاوى أو تحقيقات صحفية تتناول نواحي الإهمال أو الاستهتار، أو سوء الإدارة أو الاستغلال، وكذلك ما تتعرض له وسائل الإعلام المختلفة في هذه النواحي، مد السيد رئيس الوزراء والسـادة الوزراء والمحافظين بأية بيانات أو معلومات أو دراسات يطلبونها منها.

وأخيرا معاونة الجهاز الحكومي والهيئات العامة وقطاع الأعمال العام في التحري عن شاغلي وظائف الإدارة العليا والمرشحين لنيل الأوسمة والنياشين، التحري عن حالات الكسب غير المشروع تنفيذاً لقانون الكسب غير المشروع وبناءً على ما تقرره هيئات الفحص والتحقيق بإدارة الكسب غير المشروع، والتحري عن العمليات المالية التي يشتبه في أنها تتضمن غسل أموال بالتنسيق وتبادل المعلومات مع وحدة مكافحة غسل الأموال بالبنك المركزي.

وتنقسم الجرائــم التي يتــم ضبطهـــا بمعرفـة الهيئة إلى قسمين رئيسيين جرائم تعد اختصاصا أصيلاً لهيئة الرقابة الإدارية وتقع جميعها من العاملين بأجهزة الدولة ووحداتها الاقتصادية أو ممن يتعاملون مع هذه الجهات وتشمل جرائم العدوان على المال العام الاستيلاء وتسهيل الاستيلاء على المال العام  التربح .

وتختص أيضا في الإضرار بالمال العام سواء كان عمداً أو عن إهمال، والغش في عقود التوريد، وجرائم الاتجار بالوظيفة العامة  الرشوة، واستغلال النفوذ جرائم التزوير فى المحررات الرسمية جرائم الكسب غير المشروع.

أما القسم الثاني فهو جرائم يتم ضبطها بالتنسيق مع بعض الجهات والتى تتولى بدورها وفقاً لاختصاصاتها أعمال الضبط وتتمثل في التهـــــــــــرب الضريبي، التهـــــــرب الجمركي، جرائـــــم غســــــل الأمـــــوال، الغـــــــــش التجاري الجرائم المتعلقة بالصحة العام، والاختلاس.