يذكر كتاب "الأزهر تاريخه وتطوره" أن الدولة المصرية الجديدة كانت تحاول تأميم جميع مساحات الحراك والنشاط لصالحها، فقام الرئيس جمال عبد الناصر بالهيمنة على المؤسسة الدينية، من أجل إضفاء الشرعية على النظام الاشتراكي الذي كان يتبعه من أجل سد أية محاولة لاتهامه بأنه نظام كافر وملحد ويخالف تعاليم الإسلام، ومن أجل الرد على آراء الإسلام السياسي الذي كان معارضًا لنظام ناصر. 

ويضفي كتاب حكاية الأزهر في ألف عام، جوانب من علاقة الدولة بالأزهر، حيث حاول جمال عبدالناصر مد سيطرته على نفوذ الأزهر، وأصدر عبد الناصر عام 1961 مشروع تطوير الأزهر، وقد أعاد ذلك القانون تنظيم الأزهر بصورة جذرية، حيث أصبح تابعًا لوزارة الأوقاف بشكل كامل، وأصبحت جميع الموارد المالية له تخضع لإدارة الدولة، كما أصبح من حق الرئيس أن يعين شيخ الأزهر بعدما كان يتم اختياره داخل منظومة الأزهر، كما تم إعادة تشكيل المجلس الأعلي للأزهر، وضم إليه ثلاثة خبراء في التعليم الجامعي تعينهم الحكومة، كما حدث توسع في الجامعات التابعة للأزهر، فبعدما كانت هناك 3 كليات فقط تابعة له تم إضافة كليات مثل الطب والقانون والتجارة والهندسة، فيما تم تعيين مجموعة من ضباط القوات المسلحة كمدربين مؤقتين لإدارة الأزهر.

لكن ما جاء به النظام الناصري في قانون رقم 103 لسنة 1961 بشأن إعادة تنظيم الأزهر والهيئات نسف ما رآه فاروق لأسباب لا أحد يعلمها، حيث نص قانون عبدالناصر وقتها بأن تستبدل النصوص المرفقة بأحكام القانون رقم 26 لسنة 1936 بإعادة تنظيم الجامع الأزهر والقوانين المعدلة له، ويبطل كل ما يخالف ذلك من القوانين .