انضم اللاعب لصفوف النادي الأهلي ولمع بفضل بتسديداته القوية، ثم انضم بعد ذلك لفريق نادي ميدلسبره في 31 أغسطس 2007 بقيمة 650000£ لمدة ثلاثة أعوام، وهناك أثبت كفاءته.

وفي يناير 2010 حسم انتقال لاعب وسط منتخب مصر وفريق ميدلسبره الانجليزي محمد شوقي الي صفوف فريق قيصري سبور التركي المنتمي للدوري الممتاز علي سبيل البيع النهائي.

وفسخ شوقي تعاقده مع نادي قيصري سبور التركي الذي لم يمتد سوى لستة أشهر فقط من بدايته بصورة ودية وأوضح نادر شوقي وكيل أعماله ان هذه الخطوة سببها عدم أستلام شوقي لكامل مستحقاته لدى النادي التركي.

وفي يوليو 2010 وقع لاعب وسط منتخب مصر والنادى الاهلى السابق ‏على عقد إنضمامه من جديد لصفوف القلعة الحمراء بعد رحلته الأحترافية والتى استمرت لمدة 3 سنوات.

وبعد عامين استغنى الأهلي عن خدمات لاعب الوسط الدولي بناء على رغبة المدير الفني حسام البدري وعدم الإعتماد عليه فى خوض المباريات بالإضافة إلى حدوث بعض المشاكل بين اللاعب أثناء ولاية البدرى السابقة لنادى الأهلى.

ووقع محمد شوقي بعد الرحيل عن الأهلي على عقد انضمامه إلى النفط العراقي لمدة ثلاثة أشهر وذلك بعد إستغناء المارد الأحمر عنه.

وبعد تجربة قصيرة في الدوري العراقي أتم انضمامه إلى كلنتن الماليزي، وصف محمد شوقي، الدوري الماليزي بأنه أفضل بكثير من نظيره المصري، مضيفا أنه يوجد به أسماء كبيرة في آسيا، بالإضافة إلى اهتمام حكومي كبير بالإنفاق عليه.

وفي أواخر عام 2014 أعلن نادي المقاولون العرب عن تعاقده مع محمد شوقى، لاعب الأهلى والمنتخب المصري السابق، لمدة موسم ونصف، لتدعيم الفريق في يناير المقبل.

وبعد ما يقرب من 11 مباراة ابتعد شوقي عن الحسابات الفنية للفريق، ليستقر اللاعب علي إعتزال كرة القدم والإكتفاء بما قدمه في الملاعب.

وساهم شوقي في تتويج منتخب مصر بكأس الأمم الأفريقية عام 2006 و 2008 وتألق بشكل لافت في كأس القارات عام 2009.