وفي 9 مايو 1967 وصلت دعوة استقبال الزعيم الراحل للبابا في منزله بمنشية البكري وتوجه البابا ومعه الآباء المطارنة والأساقفة، وعرض البابا مشكلة مجلس الملي، فأصدر الرئيس أوامره بإصدار قرار جمهوري بإنشاء مجلس إدارة أوقاف البطريركية، وحل المجلس الملي وتجميد نشاطه، وحلاً للأزمة التي تمر بها البطريركية تبرع بمبلغ 10 آلاف جنيه لسداد العجز في الميزانية. 

وعبر الكاتب الصحفي محمد حسنين هيكل عن العلاقة بين البابا كيرلس والرئيس جمال عبد الناصر، وقتها فقال: "كانت العلاقات بين جمال عبد الناصر وكيرلس السادس علاقات ممتازة، وكان بينهما إعجاب متبادل، وكان معروفاً أن البطريرك يستطيع مقابلة عبد الناصر في أي وقت يشاء، وكان كيرلس حريصاً علي تجنب المشاكل، وقد استفاد كثيراً من علاقته الخاصة بعبد الناصر في حل مشاكل عديدة". 

كما تحدث البابا شنودة الثالث عن العلاقة التي جمعت عبد الناصر والبابا كيرلس، قائلًا "لا ننسي أن الرئيس جمال عبد الناصر أعطى تصريحًا لبناء الكاتدرائية المرقسية الكبرى وحضر حفل وضع الأساس فيها ثم حضر حفل افتتاحها وألقى كلمة طيبة جداً وتبرع بمبلغ 100 ألف جنيه في 1967، كان المبلغ أيامها كبيراً".

وتابع البابا شنودة: " الرئيس عبد الناصر كلف إحدى شركات القطاع العام بأن تقوم بعمليات بناء الكاتدرائية المرقسية، وأسرعت الشركة في بنائها بحيث انتهي الهيكل الخرساني في سنة واحدة، علي هذا الحجم الضخم، والديون التي بقيت صدر قرار بالتنازل عنها في عهد عبد الناصر.