أنشأ الظاهر بيبرس الجامع على جزء من الميدان الذي كان يلعب فيه السلطان القبق، وقد شُرع في البناء في 15 جمادي الثانية 665هـ/ 13 مارس 1267م .

استكمال عمارته 

كَمُلت عمارته وافتتح في شوال 667هـ/ يونيه 1269م ، وتؤكد النصوص التأسيسية بالمبني أن الأمر بالإنشاء على الأبواب الثلاث كان في 14 ربيع الآخر 665هـ/ 12 يناير 1267م، والنص التأسيسي بالقبة أعلى المحراب مؤرخ في 666هـ/ 1268م ، وقد طلب السلطان أن الباب يكون مثل باب مدرسته بين القصرين وتعمل له مقصورة (قبة) على المحراب على قدر قبة الأمام الشافعي حسبما ذكر المؤرخ المقريزي.

وفي العصر العثماني أشار إلى الجامع الرحالة أوليا جلبي في كتابه سياحة نامة خلال زيارته لمصر 1672- 1680م

فيذكر: "كُسيت الجدران التي حول القبة بالسماقي وألوان من الرخام الخام ، وقد زُين القسم الذي فوق الجزء المكسو بالرخام بأنواع من الزهور وشجرة طوبي من الحجارة الدقيقة ذات ألوان بديعة تكل العين من النظر إليها، وبصحنه بضع أشجار النبق وله ثلاث مآذن قصيرة لعلها ناقصة ـ على الأرجح سقطت أجزائها العلوية ـ والله أعلم، وله ثلاث أبواب ولكن جماعته قليلة وقبة محرابه مكسوة من فوقه بطبقة من الرصاص، وفي مصر قباب مغطاة بالرصاص وهي منها ، ويمر بداخل الجامع طريق عام، والقبة ليست مبنية بعقد "ليست من الحجر أو الطوب" وبجوانبها الأربعة زجاج ملون" ـ يقصد الجوانب الأربعة في منطقة الانتقال مثل قبة الأمام الشافعي.

وأما في المنبر ودكة المؤذنين "المبلغ من الفن والزخرفة فليس مثله في مسجد من مساجد مصر ، وأما ما في باب القبلة من الفن المعماري فلا يوجد في مملكة أخرى، ويشير الجبرتي إلى استعمال الجامع في عقد حلقات ذكر يقوم بها الشيخ على البيومي المتوفى سنة 1183هـ/ 1769- 1770م.

تحوله إلى قلعة عسكرية 

ثم بعد ذلك تحول الجامع إلى قلعة عسكرية خلال الاحتلال الفرنسي لمصر ( قلعة Shulkowski أحد قادة الحملة الفرنسية) (1798- 1801م)، وفي عام 1227هـ/ 1812م نقل الشيخ الشرقاوي أحجاراً وأعمدة من جامع الظاهر واستعمله في بناء رواق الشراقوة بالأزهر. 

وتحول الجامع في عصر محمد على، في عام 1231هـ/ 1816م إلى مصنع لصناعة الصابون ثم أُقيم به فرناً لخبر جراية العسكر، وفي نهاية القرن التاسع عشر الميلادي أُزيل الفرن ونُظْف الموقع واستعمله الجيش الإنجليزي مخبزاً ثم مذبحاً والذي استمر حتى عام 1915م.

وتناولت محاضر لجنة حفظ الآثار العربية الجامع منذ عام 1890م "كراسة 9" وحتى عام 1940م "كراسة 38" وتشير التقارير بالكراسة 38 أن اللجنة اعتمدت مشروعاً لإعادة بناء الواجهة الغربية للجامع بما في ذلك المئذنة وأُرسل المشروع إلى وزير الأوقاف، كما أيد مجلس النواب آنذاك الرغبة في إعادة ترميم الأثر وإرجاعه إلى صورته الأصلية. 

ألتزم المشروع المقدم من لجنة حفظ الآثار العربية في إعادة بناء القبة باستخدام الحجر على نحو مشابهه لقبة ضريح الصالح نجم الدين على خلاف ما جاء في كتابات المؤرخين من العرب والأجانب بأن تكون القبة على نمط قبة الأمام الشافعي تحقيقاً لرغبة السلطان. 

وتختلف قبة الأمام الشافعي عن قبة الصالح نجم الدين بأن منطقة الانتقال من الخارج عبارة عن مربع مشطوف الأركان بينما في قبة الصالح نجم الدين المسقط لمنطقة الانتقال مثمن من الخارج ، كما أن قبة الصالح من الحجر بينما قبة الأمام الشافعي من الخشب وكانت مغطاة بالقاشاني الأخضر ـ وَجَده كريزول في عام 1951م بمسافة طولها خمسة أمتار ونصف على سطح القبة ويعلوه ألواح الرصاص، والذي على الأرجح عمل بعد تسرب مياه الأمطار من خلال خوذة القبة وسقوط بعض القاشاني المغطى لها. كما أن القطاع الرأسي في قبة الصالح يختلف عنه في قبة الأمام الشافعي.

المئذنة 

التزم تصميم لجنة حفظ الآثار العربية في مشروع المئذنة بتصميم مئذنة الصالح نجم الدين وكذلك باستعمال الكوابيل الخشبية في حمل شرفة المئذنة، علما بأن مدرسة السلطان بيبرس بشارع بين القصرين كان بها مئذنة فوق المدخل أيضا وسقطت في يونيه 1882م، وتهدم جزء من المدرسة عند توسعة الشارع إلى ما يعرف بشارع بيت القاضي في عام 1874م. 

ويدل رسم قديم للمدرسة تظهر به المئذنة والشرفة العلوية محمولة على مقرنصات يعلوها الجزء العلوي العثماني المضاف لاحقا "المخروط" بعد سقوط الدورة الأخيرة الأصلية للمئذنة على الأرجح في زلزال ضرب القاهرة في الفترة العثمانية.

كذلك فإن مئذنة الصالح أقيمت من الآجر والجزء السفلي من الدورة الأولى لمئذنة بيبرس كما تظهر في رسومات الحملة الفرنسية بنيت من الحجر، حيث أنه خلال الحملة الفرنسية لم يبق من المئذنة إلا الجسم السفلي المربع من الدورة الأولى.