تأسست كلية الصيدلة سنة  1960  بمقتضى القرار الجمهوري رقم 1295 وبدأت الدراسة بكلية الصيدلة فى العام الجامعي 1960 /1961، وحصلت كلية الصيدلة على تجديد الاعتماد للعام الثاني على التوالي من الهيئة القومية لضمان جودة التعليم و الاعتماد.
   وتتضمن  الكلية أقسام علمية
وهي الصيدلانيات والصيدلة الصناعية والعقاقير والكيمياء الدوائية والكيمياء العضوية  الصيدلية  والكيمياء التحليلية الصيدلية والصيدلة الإكلينيكية والكيمياء الحيوية والميكروبيولوجيا المناعة، وعلم الأدوية و السموم
   ومدة الدراسة في كلية الصيدلة خمس سنوات دراسية خمسة مستويات على عشرة فصول دراسية طبقاَ لنظام الساعات المعتمدة، بالإضافة إلى عدد 100 ساعة تدريب ميداني فعلي في الصيدليات الحكومية، والأهلية، و صيدليات المستشفيات تتم خلال الأجازات الصيفية لسنوات الدراسة بعد نهاية المستوى الثالث، وقبل بدء سنة الامتياز
    وتقدم كلية الصيدلة بجامعة أسيوط برامج دراسية هي برنامج  بكالوريوس الصيدلة فارم دى Pharm بنظام الساعات المعتمدة وبرنامج الصيدلة الإكلينيكية