في شهر مايو 2016، قضت المحكمة بإحالة أوراق ستة متهمين، منهم ثلاثة هاربين وليس من بينهم مرسي، لفضيلة المفتي، محددة جلسة الثامن عشر من يونيو للنطق بالحكم، أما في شهر مارس تم حجز الدعوى للحكم بجلسة الثالث والعشرين من أبريل، قبل أن تمد أجل الحٌكم ليٌصبح بجلسة السابع من مايو.

وفي مارس 2016، طلب دفاع المتهم السادس بضم حمد بن جاسم، رئيس الوزراء القطري السابق، متهمًا بالقضية، وطلب كذلك سماع شهادة المستشار عدلي منصور، رئيس الجمهورية السابق.

كما أمرت المحكمة بتعديل بنود الاتهام الواردة بوصف الاتهامات، وبرز فيها تعديل اتهام المتهمين السادس محمد عادل كيلاني والسابع أحمد إسماعيل ثابت، بتقديم إعانة للمتهمين الأول والثاني والعاشر مع علمهما بنياتهم، وان المتهم السابع قام بنسخ الوثائق والتقارير موضوع القضية وتصويرها للمتهم العاشر لعرضها على من يعمل لصالح دولة أجنبية، وبناء على ذلك طلب الدفاع أجلًا لدراسة التعديل وبناء دفوعهم على تلك الدراسة.

وفي فبراير 2016، وخلال مرافعة النيابة العامة، شنت هجومًا حادًا على المتهمين وعلى رأسهم الرئيس المعزول، وتطلب توقيع أقصى عقوبة.

وفي يناير، قضت بحبس المتهم أحمد علي عبده عفيفي لمدة سنة مع الشغل، لاتهامه بإهانة المحكمة خلال الجلسة.

أما في عام 2015، بالتحديد شهر ديسمبر حضر عبد الله مرسي، نجل الرئيس المعزول، جلسات القضية للمرة الأولى، وطلب الدفاع في هذا الصدد، أن تسمح المحكمة له بزيارة والده حيث إنهما لم يلتقيا منذ ثلاثة سنوات، وفق تأكيد الدفاع، وهو ما وافق عليه القاضي.

وفي سبتمبر، طلب ممثل النيابة العامة خلال الجلسة، من المحكمة التصريح له بتقديم ما يفيد نشر بعض الوثائق محل المحاكمة الفضائية ذات الصلة بالمتهمين التي من ضمن مضبوطات القضية.

كما أعرب اللواء عماد حسين، مستشار الأمن المجتمعي للفريق الرئاسي لمرسي، خلال شهادته عن ندمه عن العمل مع المعزول، ليوضح وضحًا بأنه أدرك انه لا قيمة لعملهم وان لا احد يلتفت لمقترحاتهم كفريق رئاسي مستخدما تعبير "كانت كالحرث في الماء".

وفي نفس الشهر، أدلى الفريق محمود حجازي، رئيس أركان حرب القوات المسلحة الحالي ومدير المخابرات الحربية السابق، في جلسة سرية، بأقواله حول موضوع القضية، وفي ذات الجلسة قام اللواء عباس كامل، مدير مكتب رئيس الجمهورية، بأداء اليمين القانونية لمباشرة عمله كرئيس للجنة التي وجهت المحكمة لتشكيلها من مؤسسة رئاسة الجمهورية لفحص المستندات المضبوطة في القضية، كما أدلى اللواء محمد إبراهيم، وزير الداخلية السابق، بشهادته حول وقائع القضية، مهاجما الرئيس المعزول وطريقة تعامله مع الأمور حينما كان رئيسا للجمهورية.

وفي شهر أغسطس 2015، استعرضت المحكمة كتابا لهيئة الأمن القومي، يتضمن عدم إمكانية سؤال اللوائين "رأفت شحاتة" رئيس جهاز المخابرات العامة الأسبق ووكيل المخابرات اللواء "أسامة سعد"، إعمالًا لمواد القانون رقم 100 لسنة 71 الذي ينظم عمل المخابرات العامة والقوانين المعدلة له، كما كلفت المحكمة مدير مكتب رئيس الجمهورية بتشكيل لجنة ثلاثية لفحص المستندات محل القضية، وأشارت المحكمة في قرارها إلى أن اللجنة ستكون مكلفة ببيان تاريخ ورود المستندات أحراز القضية الموجهة لمحمد مرسى رئيس الجمهورية حينذاك ومدير مكتبه أحمد عبد العاطي.

أما شهر يوليو 2015، فكان حافل بالعديد من التطورات في القضية حيث كانت مرحلة سماع الشهود، هي الأبرز ضمن سلسلة جلسات القضية، فبعدد هائل من الشهود، الذي استدعتهم المحكمة بجانب من استندت النيابة العامة عليهم بأوراق الدعوى، زخرت قائمة الشهود بالعديد والعديد من الأسماء المرموقة من ذوي المناصب الهامة بالبلاد، ارتأت المحكمة طلب حضورهم وذلك لسماع رؤيتهم حول الأحداث وما عاشوه بنفسهم من تفاصيلها، كما حضر المستشار محمد هشام بركات، نجل النائب العام السابق، جلسة القضية ممثلًا للنيابة العامة، والتي تعد أولى جلسات القضية بعد استشهاد والده، وبرز في نهاية الجلسة توجيه القاضي نعيا مؤثرا لروح المستشار "هشام بركات".

وفي يوليو 2015، كانت أولى إطلالة علنية له ببدلة الإعدام الحمراء بعد عدة أيام من الحكم بإعدامه في القضية المعروفة بـ"اقتحام السجون".

وفي شهر مارس 2015، أكد ممثل النيابة العامة أن بياناتً محذوفة ضمتها الأحراز، تمكن خبراء هيئة الأمن القومي من استعادتها، وأشارت النيابة بأن الحرز رقم "1095" يحوي تلك البيانات فضلا عن احتوائه لمحتويات الأحراز المٌتعذر عرضها، كما صادرت المحكمة شريط تصوير خاص بإحدى المحطات الفضائية، سٌجلت عليه لقطات من عرض المستندات المحرزة في القضية، تم عرضها عبر الشاشات المنصوبة بقاعة المحكمة خلال عرض الأحراز بالجلسة، وهو ما خالف تعليمات المحكمة في هذا الصدد.

وتعود بداية المحاكمة في القضية الي فبراير 2015 حيث تلت النيابة العامة في أولى جلسات القضية أمر الإحالة بالقضية، لينكر المتهمون وعلى رأسهم مرسي كافة الاتهامات المسندة.