شهدت حركة 6 أبريل خلافات داخلية كبيرة بعد رفض بعض أعضاءها دعم مرشح بعينه خلال انتخابات الرئاسة المصرية 2018، رغم إدعاء الحركة تبني النهج الديموقراطي في تعاملها الداخلي وشئون الأعضاء، فضلا عن تعاملها الخارجي مع الجمهور الداعم لمرشح آخر لا تنتخبه قيادات الحركة.

وأكدت مصادر مطلعة لبوابة المواطن الإخبارية أن الخلافات تصاعدت داخل حركة ٦ أبريل المحظورة - جبهة أحمد ماهر - لرفض مجموعات من الحركة تأييد خالد علي في انتخابات الرئاسة.

وأكدت المصادر أن الحركة التي تعلن دومًا تشدها بالديموقراطية والليبرالية دبت فيها الخلافات على مجرد رأي سياسي، لا يدعم مرشح الحركة، ويرغب في دعم الرئيس السيسي لفترة رئاسية مقبلة، حاجرين بذلك على رأي الشارع المصري الذي يحظى فيه السيسي بتأييد جارف.
الجدير بالذكر أن حركة 6 أبريل كانت إحدى الحركات التي دعمت الرئيس المخلوع محمد مرسي في انتخابات الرئاسة أمام الفريق أحمد شفيق.