سلمت النيابة الجزئية ملف التحقيقات الأولية الذي تضمن أقوال شهود حادث الكنيسة البطرسية الذين كانوا متواجدين أثناء وقوع الحادث فى المكان،إلى نيابة أمن الدولة العليا بإشراف المستشار خالد ضياء الدين المحامي العام الأول، كما سلمت أيضا أقوال المصابين بالمستشفيات، واستعجلت النيابة جميع الأجهزة الفنية لتسليم تقاريرها الخاصة بفحص المضبوطات والصفة التشريحية وفحص المواد التفجيرية التى تم استخدامها.

وتستكمل النيابة تحقيقاتها في الحادث وانتهت من سماع أقوال الشهود في الحادث وأقوال جيران سكن المتهمين بعدة مناطق ومن المنتظر أن تجرى النيابة بمصاحبة المتهمين فور استكمال القبض على الهاربين معاينات تصويرية وقد تضمنت أقوال المتهمين من خلال التحريات والتحقيقات اعترافاتهم، حيث أكدوا لهم أنه في أوائل ديسمبر الماضي صدرت لهم تعليمات من القيادات الإرهابية بالدوحة بالقيام بعمل تخريبي في مصر، يستهدف الأقباط، نظرًا لمساندة الكنيسة للدولة ودورها فى بالإطاحة بالمعزول محمد مرسى.

وطلب المتهم الهارب مهاب و المكنى بالدكتور الهارب بترشيح بعض الأسماء للقيام بالأعمال التخريبية، على أن يكون لديهم استعداد لتفجير أنفسهم في أي وقت "حيث وقع الاختيار على منفذ التفجير الانتحاري محمود شفيق، المعروف عنه ولاؤه الشديد للجماعة، واعتناقه للأفكار المتشددة، خاصة أنه رغم حداثة سنّه، الذي لم يبلغ 22 سنة، إلا أن سجله الإجرامى كبير، إذ سبق له الارتباط بإحدى الأسر الإخوانية فى محل إقامته، وتلقى تدريبات على تأمين مسيرات الجماعة باستخدام الأسلحة النارية، وسبق ضبطه أثناء قيامه بذلك وبحوزته سلاح آلي في القضية بالفيوم، وتم إخلاء سبيله بقرار من المحكمة عقب ذلك، وهرب إلى القاهرة".

و أظهرت التحريات والتحقيقات دور المتهم عبد الحميد، الذي كان دوره في القضية متابعة محمود شفيق، وتوفير الأماكن التي يتردد عليها في القاهرة، سواء في مدينة نصر أو الزيتون، للابتعاد عن الملاحقات الأمنية، وساهمت في تجهيز المواد المتفجرة والحزام الناسف وإعداده جيّدا قبل الحادث بساعات"استقبلت محمود شفيق فى منزلى، وربطناه بإحدى البؤر التكفيرية، لإعداده لاعتناق الأفكار المنبثقة من فكر الإخواني سيد قطب، وتلقى شفيق تدريبات سريعة خلال أيام قليلة، وأبدى رغبته فى القيام بالعمل الانتحاري، فتم تجهيز الحزام الناسف له لدينا، وكان سعيدًا بعدما أكد له قيادات الإخوان بالدوحة أن مصيره الجنة، لأنه يقوم بعمل يخدم الدين، ونفذ محمود شفيق ما طُلب منه بالفعل.