وانتهى التقرير الى أن هذه الطريقة تردد أقوالا تصل إلى حد الكفر الصريح، من خلال تأويل الآيات، وتعطيل ظاهر النص القرآني، والإشارة إلى أن الوحى يداعب شيخ الطريقة، وأن الشيخ يفهم أسرار القرآن أفضل من غـيره، وأنه نائب الرسول في التبليغ، وأنه مظهر الله في الكون، فضلا عن عشـرات السقطات فى حـق الرسول والوحى والإسراء والمعراج وبعض الغيبيات والتكاليف الشرعية

وفى ذات الوقت، أصدر الشيخ سطوحى رئيس المجلس الأعلى للطريقة الصوفية فتوى أكد فيها أن الأفكار البرهانية فيها خروج عن الدين، وأن مايردده بعض الأتباع، سرًا وعلنًا، خطر على العقيدة الإسلامية

وفي نفس العام، يناير 1976، أصدرت لجنة الفتوى بالأزهر ـ بالتنسـيق مع عـدد من علماء الأوقاف ـ فتوى أكدت نفس المعنى، وقالت اللجنة:
إن كتـاب" تبرئة الذمـة يهدم الأفكار الأساسية فى الشريعة الإسلامية"، وقالت لقد تجاوزت الأخطاء إلى حد اعتبارها طريقة غير إسلامية.

وبناءً على هذه التقارير الفنية والدينية، أصدرت وزارة الداخلية قرارًا بمصادرة الكتاب، وحظر نشره وحظر نشاط الطريقة

وقد شارك في عضوية لجنة الأوقاف فى ذلك الوقت الشيخ ابراهيم الدسوقى وزير الأوقاف الأسبـق، كما شارك فى توضيح أخطائهم الشيخ أحمد حسن الباقورى، والشيخ محمدـ حسنين مخلوف، العالمـان المعروفان

وقد أشار الشيخ مخلوف في تقرير خاص عن الكتاب إلى خطئه في تأويل الآيات، ونسبة أحاديث إلى رسول الله ليست صحيحة وانتهى التقرير إلى القول بأن كل ما فى الكتاب يحمل البرهان على كذبه، ووجوب مصادرته، وأن التصوف والصوفية تبرآن من هذا العبث.
وظلت أطروحات هذه الطريقة العلنية والسرية مأخوذة فى إطار فساد العقيدة الذى وقعت فيه، إلى أن حدث فى عام 1983 حدث آخر، جعل الطريقة تأخذ منحى أكثر خطورة نحو الضلال والإضلال 0

والسبب أن مؤسس الطريقة محمد عبده البرهانى قد توفى، وبعد وفاته ترك العهد لابنه ليقود الطريقة، وكان ابنه قليل العلم والحيلة، والقدرة على ملء عقول المريدين بأى شىء، كما كان يفعل والده 0

وهنا تفتقت عبقرية أحد المريدينعن حيلة جهنمية مفادها ان الوالد أتى فى المنام، وأملى عليه وعلى الابن قصائد من البرزخ، توضح المنهج والطريقة والتعاليم إلى الأتباع.

ورغم تفاهة الفكرة، وعدم قبولها شرعا وعقلا ومنطقا، فإن عددًا من الأتباع صدقها، وعـددًا آخر كذبها، وحدث انشقاق كبير فى الطريقة.

وبعيدًا عن الصراعات الإدارية التى حدثت حول رئاسة الطريقة، فإن الخطورة تجسدت مرةً أخرى في القصائد التى جمعها الابن، وأحد المريدين، وقال إن الشيخ أوحى إليهم بها من البرزخ ووضعوها هذه المرة في ديوان "بطائن الأسرار"، وفي هذا الديوان عشرات، بل مئات الأخطاء الدينية، في الشكل والمضمون والكتابة والتناول


ولعل آخر المواقف التى تؤكد وقوف كل المؤسسات الدينية فى وجه انحراف الطريقة البرهـانية، ما حدث فى أواخر عام 1988، اجتمع المجلـس الأعلى للطرق الصوفية، وجدد القرارات السـالفة من الأزهر والطرق الصوفية، وقرر دمج الطريقة البرهانية فى الطريقة البرهامية الأولى، حتى تكون تحت رعاية الطرق الصوفية، ووضع الأفكار البرهانية تحت الملاحظة. 

ورغم كل ما يحدث إلا أن الطريقة ما زال لها أتباع ومريدين ومشايخ يطلق عليهم "المرشد" ويستمعون له في كل حرف بل يقنعهم أن أي ذنب يرتكبه المريد يتحمله المرشد، التبعيه وبيع العقب أشبه بالإخوان حتى في مسمى شيخهم

قال الشيخ جابر قاسم، وكيل مشيخة الطرق الصوفية بالأسكندرية، أن المشيخة العامة رفضت الطريقة البرهانية ورفعت ضدها قضية لأنها تخالف القانون الصوفي رقم 118 لسنة 1976، كما كان ينسب لها أفعال تخالف الشرع والقانون منها طباعة كتب تحمل أوراد وأذكار ومعاني مخالفة للمنهج الإسلامي الصوفي وقد عرضت على الأزهر الشريف الذي أصدر قرارا برفضها وحظر تداولها.
وأوضح أن المشيخة العامة للطرق الصوفية، أعقبت ذلك برفع دعوى قضائية ضدهم وربحت القضية، وقامت بتفكيكهم وجعلتهم يختارو الانضمام للطرق المعتمدة قانونا والتي تنسب إلى سيدي إبراهيم الدسوقي، فاختاروا الانضمام لطريقة الشيخ محمد علي عاشور، والطريقة الدسوقية المحمدية وشيخها الشيخ مختار علي، والآن يمارسون النشاط الصوفي الصحيح المقترن بقراءة الحزب الكبير والتحصين والاستغفار للدسوقي.


وتابع لـ"المواطن"، من يخالف القانون الصوفي، ويتبع الطريقة البرهانية يخالف القانون ويتم تبليغ النيابه عنه
ونفى قاسم، ما يتردد عن أن الطريقة البرهامية هى نفسها البرهانية وتم تغيير اسمها كنوع من التحايل، مؤكدا أن مشايخ البرهامية محمد علي عاشور، ومختار تابعين للقانون الصوفي المصري.
ومضى يقول، السودانيين الموجودين نطالبهم بتوضيح كلامهم باللغه العربية أثناء نطق الأوراد، حتى يفهمهم المحيطين ولا يخافوا منها ويعتقدون أنها طلاسم.

من جانبه قال ياسر النجار، من أبناء الطريقة الرفاعية، أن بعد دخول الطريقة البرهانية إلى مصر والاحتفاء بها، حرمها الأزهر فورا بعد نشر كتاب تبرئة الذمة في نصح الأمة، وكتاب ديوان بطائن الأسرار، حيث اكتشفوا فيه افكار متطرفة ليس لها علاقة بالتصوف.

وتابع أعرف بعضا من أتباع الطريقة متدينون جدا لكن يمكن أن يشغلهم الذكر عن العمل، فيما يوجد البعض منهم يغالي جدا في أفكاره