تمتع مصر بثروة هائلة من الآثار التاريخية سواء الآثار الفرعونية أو الإسلامية أو الرومانية وغيرها، فيوجد في مصر عدد كبير جدا من المتاحف الفرعونية والمتاحف الفنية التي تحوي مقتنيات نادرة لا تقدر بثمن ومن اهم هذه المتاحف ما يلي:

اولا: متحف الاحياء المائية 

متحف صغير يضم عدة أنواع من أسماك وحيوانات البحرين المتوسط والأحمر كما يضم أنواعا أخرى تعيش في المياه العذبة كالنيل والأمزون، وهذا المتحف يحوى أسماكا محنطة ومتعلقات بحرية.

أنشئ المتحف عام 1930، وهو يقع بالقرب من قلعة قايتباي بالأنفوشي. ويضم الموقع إلى جانب المتحف معهدا لأبحاث الأحياء المائية كما يعد من أهم المزارات السياحية بالإسكندرية، والذى يستقبل أعداد كبيرة من السائحين الوافدين إلى محافظة الإسكندرية من مختلف وأنحاء العالم، كما يستقبل مئات الأطفال أسبوعيا للتعرف على أنواع الكائنات البحرية المختلفة ويعد من أهم معالم الإسكندرية السياحية.

كما يضم عدة معامل ومكتبة وأحواض أسماك ونباتات البحار المالحة والعذبة، ويعتبر جزء من معهد علوم البحار لما يحتوية على مجموعة نادرة من الأسماك والأحياء المائية، حيث يقوم بدراسة جميع الأحياء المائية بالبحيرات المصرية من أسماك ونباتات واسفنج وصدف، مما يؤدى للحفاظ على الثروة السمكية وجد متحف صغير ملحق به وهو متحف يضم نماذج من كائنات بحرية محنطة مما تعيش فى البحر الأحمر والابيض ونهر الامازون، كما يضم هيكل عظمى لحوت كبير، بالإضافة إلى مجسم لعروس البحر المعروفة فى الأساطير القديمة

ثانيا: متحف النباتات النادرة

يقع المتحف في شارع المتحف الزراعي بحي الدقي - بالقرب من وزارة الزراعة المصرية وهو ثاني أهم مكان متخصص في «الزراعة» على مستوى العالم بعد المتحف الزراعى في العاصمة المجرية «بودابست».

يعود فضل إنشاء المتحف الزراعى إلى الملك فؤاد الأول، الذي كان يرى أنه من الضرورى أن يكون لمصر متحف زراعى تكون مهمته نشر المعلومات الزراعية والاقتصادية في البلاد، وتمت الاستعانة بمصمم المتحف الزراعى في العاصمة المجرية «بودابست» ليقوم بتصميم المتحف الزراعى المصري، ووقع الاختيار على سراى الأميرة فاطمة إسماعيل، ابنة الخديو إسماعيل، وشقيقة الملك فؤاد الأول، ليكون متحفًا زراعيًا يعد المتحف الزراعي من أكبر المتاحف في مصر إذ تبلغ مساحته 125 ألف متر مربع وكان المتحف قصرا للأميرة فاطمة إسماعيل ابنة الخديوي إسماعيل، ويتكون المتحف من ثلاث مبان لمعروضات خصص المبني الأول المملكة النباتية والمبني الثاني لمعروضات المملكة الحيوانية والمبني الثالث يضم المعرض التاريخي للزراعة المصرية منذ عهد ما قبل التاريخ إلي يومناهذا. وبالمتحف أيضا مكتبة وقاعات للسينما والمحاضرات وكذلك يضم المجموعة الحشرية.

المتحف الزراعي في مصر كان الغرض من إنشائه هو التوثيق لذاكرة مصر الزراعية، ونافذة تطل منها كل الأجيال علي حضارة مصر الزراعية، فضلًا عن كونه مركزًا للثقافة الزراعية، وكان المتحف قد أقيم في سراي الأميرة فاطمة إسماعيل ابنة الخديوي إسماعيل في حي الدقي، وقد بدأ العمل به في عام 1930 عندما صدر قرار مجلس الوزراء المصري في 21 نوفمبر من عام 1927، وأطلق عليه في البداية اسم " متحف فؤاد الأول الزراعي ".

ويمكن اعتبار هذا المتحف ثمانية متاحف لا متحف واحد، وتزيد مساحة هذا المتحف علي ثلاثين فدانًا، أي ما يعادل 175ألف متر مربع، ويعد أول متحف زراعي في العالم ويضم آلاف المعروضات والمقتنيات التي تقدم في مجملها قراءة تاريخية للزراعة وتطورها في مصر منذ عصر الفراعنة، يمثل المتحف قبلة للعلماء والباحثين في مجال الأبحاث والدراسات الزراعية والبيطرية والتاريخية وتوجد بالمتحف مقتنيات ونباتات نادرة بعضها انقرض من الوجود، مثل نبات (البرساء) الذي كان مقدسًا عند الفراعنة، ونماذج لآلات زراعية تاريخية مثل المجرش أو آلة طحن الحبوب، التي يعود تاريخها إلي 15 ألف سنة، هذا فضلًا عن الكثير من الصور الفوتوغرافية والأعمال الفنية الزيتية التي تحيلك إلي أجواء الماضي، وتطور الأساليب الزراعية لدي الفلاح المصري، وأشكال الحياة القروية عبر التاريخ في خطة إنشاء المتحف الزراعي المصري، ليكون نافذة تطل منها الأجيال على حضارة مصر العريقة في مجال الزراعة ولنشر المعلومات الزراعية والاقتصادية في البلاد، تم إنشاء متحف الزراعة المصرية القديمة في العصر الفرعوني عام 1996.

هذا المتحف يمثل أول حلقة في سلسلة تاريخ تطور الزراعة في مصر، فهو يعرض تاريخ الزراعة منذ عصر ما قبل التاريخ حتى أواخر العصر الفرعوني ويبرز الدور الريادي المصري في مجال الزراعة، وأن المصريين القدماء هم أحسن زرّاع عرفهم التاريخ.

ينفرد متحف الزراعة المصرية القديمة عن متاحف العالم باقتناء مجموعة أثرية زراعية كاملة، بالإضافة إلى أنه يضم عروضًا تجعله متحفًا فنيا للتاريخ الطبيعي ففي الطابق الأرضي، يعرض المتحف كل ما يتصل بالنشاط الزراعي قديمًا، والأدوات والآلات الزراعية، ويشرح كيف اهتدى إليها المصري القديم وطورها، وهناك مقتنيات هامة تمثل أغلب الحاصلات الزراعية التي عرفتها مصر القديمة مع قطع أثرية توضح أهم الصناعات الزراعية والبيئية.

ثالثا: متحف الخزف الاسلامى

يحتل متحف الخزف الإسلامي بالزمالك الدورين الأرضي والأول من قصر الأمير عمرو إبراهيم، ويجمع هذا القصر في أسلوبه المعماري والزخرفي بين الأساليب الفنية التي شاعت في عصر أسرة محمد علي المتأثرة بالطراز الكلاسيكي الأوروبي من جهة وبين أساليب الطراز المغربي والتركي والأندلسي في تناغم أخاذ ويحتوي القصر على مجموعة قاعات ضخمة تتوسطها القاعة الرئيسية والتي تتمركز حول نافورة. والقاعة الرئيسية مغطاة بقبة رئيسية فخمة مبنية على مقرنصات ركنية وبها مجموعة رائعة من نوافذ الزجاج الملون الجصي والقصر بصفة عامة مستخدم كمركز الجزيرة للفنون، ويحتوي المتحف على مجموعة خزفية رائعة تعود لشتى العصور الإسلامية.

وأهم قاعات المتحف قاعة الخزف الفاطمي، والتى خُصصت لعرض مجموعة من الخزف الفاطمي تتكون من74 قطعة، فيما عدا قطعة واحدة عباسية.

وتتسوي من حيث الأهمية قاعة الطراز التركي، وتعرض 96 قطعة، وقاعة الطراز المصري الأموي، والأيوبي، والمملوكي، والعثماني وتعرض 39 قطعة أما البهو فيعرض قطع خزفية سورية، بينما توجد القاعة الإيرانية في الدور العلوي حيث تعرض مقتنيات خاصة بالخزف الإيراني، بالإضافة لمدخلين حائطيين فيهما قطعتان من الطراز الأندلسي وبلاطتان تونسيتان وسلطانيتان من الطراز العراقي ومن الاعمال الموجودة فيه آنية (سلطانية) من الفخار مطلية بالأزرق والأبيض والأسود، ومزخرفة بشكلين سداسيين أحدهما داخل الآخر. ويضم الداخلي منهما جامة مفصصة تحتوي على نقاط زرقاء؛ مماثلة لما يوجد في الفراغات بين الشكلين وقلب الآنية مزين من الحافة العلوية بأغصان نباتية تخرج منها أنصاف مراوح نخيلية محورة وأوراق. ويتبع هذا حد آخر، جزء منه غير مزخرف، محاط بخيوط سوداء؛ ثم بأشكال هندسية ونباتية باللون الأسود.

رابعا: المتحف اليونانى الرومانى

افتتح الخديوى عباس حلمى الثانى المتحف اليونانى الرومانى رسميا فى 17 اكتوبر 1892. 
شرع الايطالى جيسيب بوتى فى أداء مهمة انشاء المتحف فى الاسكندرية تخصيصا للعصر اليونانى الرومانى. 

بدأ الاهتمام بهذا العصر بجدية بعد عام 1866، عندما اكمل محمود الفلكى حفائره فى الاسكندرية، حيث قام بتسليط الضوء على خريطة المدينة القديمة. وبدأ الاهتمام يزيد مع تكوين جمعية الاثار فى الاسكندرية فى عام 1893 فى البداية، كانت المجموعات موضوعة فى مبنى بشارع رشيد سابقا (الأن طريق الحرية). اكتمل بناء أول عشر قاعات فى المبنى الحالى فى عام 1895. 

القاعات الاضافية (ارقام 11 الى 16) اكتملت فى عام 1899، وقد تم الانتهاء من الواجهة فى عام 1900. بعض المصنوعات اليونانية الرومانية اليدوية، خاصة مجموعة العملات، تم جلبها من متحف بولاق (حاليا المتحف المصرى) بالقاهرة.

عندما تم تكليف جيسيب بوتى بادارة المتحف، قام بتزويده بمجموعات مجلوبة من حفائره فى المدينة وضواحيها.

وعندما تم تكليف ايفاريستو بريشيا واخيل ادريانى فيما بعد بادارة المتحف، قاما بتزويد المتحف بما يجود عليهما من قطع فى حفائرهم. كذلك قاما بجلب المصنوعات اليدوية للمتحف من الحفائر فى منطقة الفيوم. 

يرجع تاريخ معظم المجموعات الموجودة فى المتحف إلى الفترة من القرن الثالث ق.م الى القرن الثالث الميلادى، وهى شاملة لعصرى البطالمة والرومان. تم تصنيف المجموعات وتنظيمها فى 27غرفة، بينما تظهر بعض القطع فى الحديقة الصغيرة.

خامسا: متحف قصر الجوهرة

يقع قصر الجوهرة فى الجهة الجنوبية الغربية من القلعة وقد بنى على أنقاض قصور مملوكية قديمة ترجع إلى عصر الملك الأشرف قايتباى والسلطان الغورى وقد خصص القصر مقرا لحكم محمد على باشا ولاستقبالاته الرسمية وقد أقام محمد على باشا فى أحد قصور المماليك فى حى الأزبكية حتى تولى ولاية مصر عام 1805م، وبعد أن قام بطرد خورشيد باشا الوالى العثمانى من منطقة قلعة صلاح الدين قرر اتخاذها مقرا له ومعقلا وأمر بعمل إصلاحات وترميمات شملت أسوار القلعة وأبراجها وأبوابها.

قام بتشييد عدة منشآت وقصور وكان من أهمها ثكنات الجند ودواوين الحكم ومصانع الذخيرة ودار الصناعة ومدارس للجيش كما شيد سراى للحرملك ومقر إعاشته (المتحف الحربى حاليا) بالإضافة إلى مسجده وسراى العدل ودار المحفوظات وقصر الجوهرة وفى نفس الوقت قام بتجديد دار الضرب (سك العملة) التى كانت موجودة أصلا فى منطقة القلعة.

وقد تم تشييد القصر فى المدة من عام 1811م حتى عام 1814م ويتكون من قاعات وغرف زينت جدرانها وأسقفها بنقوش وزخارف مذهبة من الطراز المعروف باسم الروكوكو الذى يتميز بالوحدات الزخرفية المتكررة والمناظر الطبيعية وتختلف هذه النقوش من قاعة إلى أخرى وأهم هذه القاعات البهو الرئيسى (المجلس العالى) حيث كان يحكم محمد على باشا مصر بمعاونة رجال الدين والأشراف ثم قاعة العرش (الفرمانات) وقاعة الألبستر وقاعة الساعات وغير ذلك من القاعات بجانب الحمام الألبستر هذا بجانب ما يحويه القصر من تحف وأثاث تمثل عصر الأسرة العلوية ويظل المدخل الرئيسى للقصر على ميدان سراى العدل.

وقد تعرض القصر لأكثر من حريق كان أخرها عام 1972م وقامت هيئة الآثار بوضع خطة لإعادة القصر إلى ما كان عليه سواء من الناحية المعمارية أو ما يحويه من نقوش وزخارف وأثاث وتحف ونفذت خطة الترميم على مرحلتين وتم فيها تجديد وترميم الأجزاء الصالحة للزيارة مع إضافة عدة قاعات بالمبنى الملاصق للقصر من الجهة الشرقية والذى كان يستخدم للاستضافة فى عهد محمد على وهذا الجناح كان مغلقا منذ عام 1952م وحتى عام 1983م هذا مع إعادة الواجهة الأساسية المطلة على مسجد محمد على وانتهت مرحلة الترميم هذه فى يوليو عام 1983م وقد أعيد بناء المدخل على غرار الأصل وكذلك رمم الحمام الملحق بالقصر.

كما تمت معالجة البناء عامة معماريا وإعادة الطلاءات الأصلية كما تم إعادة ترميم الرسومات التالفة بالكامل وكذلك رسوم ونقوش الجدران المتشققة الخارجية والداخلية والمدخل الرئيسى والمدخل الجانبى وقاعة البهو الرئيسى وقاعة الديوراما وقاعة كسوة الكعبة وقاعة كوشة الملك فاروق والملكة فريدة على النحو الذى يضاهى الأصل قبل حريق عام 1972مكما تم ترميم المئات من التحف التى ستعرض مثل الفازات والساعات الأثرية النادرة والنرجليات والأطباق والكاسات وكرسى العرش وملحقاته والأسلحة والتحف المعدنية والزجاجية والسجاد الأثرى والشمعدانات.

وتم تصنيع العشرات من التماثيل بالحجم الطبيعى والملابس التاريخية لمحمد على باشا ومجموعة من حاشيته وجنوده لإعطاء ديوراما تمثل مجلس الحكم فى عصر محمد على باشا وقد تم إنشاء متحف جديد بالمبنى الملحق بقصر الجوهرة (متحف قصر الضيافة) تعرض فيه التحف والصور واللوحات الزيتية والأثاث والتحف الخزفية والمعدنية والزجاجية التى تمثل تاريخ أسرة محمد على باشا بدءا بعصره نزولا إلى عصر أخر ملوك الأسرة العلوية الملك فاروق كما تم ترميم العديد من اللوحات الزيتية التالفة من جراد عام 1972م وكذلك التحف الزجاجية والمعدنية.

سادسا: متحف الحيوان

يقع داخل حديقة الحيوان بالجيزة، ويتطلب دخوله تذكرة بعشرة جنيهات يُعفي منها الأطفال تحت سن 5 سنوات، وعلى الرغم من افتتاحه في أغسطس 2015، إلا أنه لا يزال مجهولًا عند الكثيرين بسبب قلة الدعاية له.

يضم في مدخله هيكل عظمي لحوت ضخم معلق في السقف، وأسفله يقف عدد من الهياكل العظمية لحيوانات ضخمة مثل الزرافة والفيل والنمر والفهد، وأنشئ هذا المتحف في عام 1906 ويعد الأقدم بمنطقة الشرق الأوسط، ويتكون من ثلاثة طوابق يتم فيها عرض هياكل وحيوانات وطيور وحشرات وزواحف محنطة

سابعا: المتحف القبطى

يقع المتحف القبطى خلف أسوار القلعة الرومانية الشهيرة بابليون في منطقة القاهرة القديمة المسماة (مصر القديمة). المنطقة المحاطة بالمتحف تزخر بالأثار المفعمة بالحياة من خلال "متحف مفتوح" تصف تاريخ الفترة القبطية فى مصر. بنى مرقص سميكة باشا المتحف عام 1910 ليجمع المادة الضرورية لدراسة تاريخ المسيحية في مصر، هو نجح فى هذا المشروع.

كان يوجد متاحف مختلفة في ذلك الوقت فى مصر: متحف القاهرة للفرعونى القديم، المتحف اليونانى-الرومانى بالأسكندرية ومتحف الفن الاسلامى بالقاهرة بنى المتحف القبطى ليسد ثغرة فى التاريخ والفن المصرى. ان المجموعة الكبيرة من التحف والتي أغلبها ذو شأن كبير من الأهمية للفن القبطى فى العالم فهى موجودة فى هذا المتحف وهى حوالى 16000 قطعة.

ان الجناح القديم من المتحف يكون قطعة معمارية رائعة فهو عبارة عن سلسلة من الحجرات المتسعة. فى عام 1931 ميزت الحكومة المصرية أهمية المتحف القبطى وألحقته بالدولة. فى عام 1947 افتتح الجناح الجديد الواسع، يتشابه نموذجه مع الجناح القديم. فى عام 1984 افتتح الرئيس حسنى مبارك تجديدات المتحف حيث ان الجناح القديم للمتحف يضم مجموعة من قطع الاثاث الخشبية والابواب المطعمة. وجدير بالملاحظة انه يضم الباب المصنوع من خشب الجميز الخاص بحامل ايقونات كنيسة القديسة بربارة. الالواح يمكن تمييزها حيث قاموا بتركيبها فى العصر الفاطمى أثناء القرن الحادى عشر والثانى عشر والمجموعة تستقر فى الجناح الجديد الذى يظهر مختلف الانواع والطرز والموضوعات، مثل التصميمات الهندسية، لفائف نبات الاكانتس وأوراق العنب، وافريزات مزدانة بأرانب، طواويس، طيور، والانشطة الريفية، مرورا بالتراث الهيللينستى والقبطى حتى الصيغ الفنية الاسلامية فى مصر.

يضم المتحف كتاب البصخة (الفصح) المقدس القراءات للأسبوع الأخير من الصوم الكبير، والذي يدعى أيضا "أسبوع الآلام". ويبدأ بالقراءة لأحد الشعانين (السعف أو الزعف)، وينتهي بالقراءة لسبت النور؛ وهي قراءات تقتصر فقط على هذه الفترة، الكتاب مزين بمختلف النباتات والحيوانات والأشكال الهندسية، ويحمل كذلك زخرفة للأحرف الأولية وشارة تصدير باسم الكاتب الذي خطه وتاريخ التدوين ويضم الكتاب 379 ورقة؛ بواقع 32 سطرا في كل صفحة، وهو مكتوب باللغة القبطية مع ترجمة إلى اللغة العربية على الهامش الأيمن. رمم الكتاب في سنة 1624 من عام الشهداء، في عهد البابا سوريال الخامس (1909م).

ثامنا: متحف مكتبة الاسكندرية 

قاعات متحف مكتبة الأسكندرية تتكون من عدد من التماثيل الرائعة تمثل العصور المختلفة: الفرعونية، اليونانية-الرومانية، القبطية والاسلامية. تلك التماثيل المعروضة شاهدة على ابداع الفنانين المصريين عبر التاريخ ان عرض تلك التماثيل، فى الواقع، لهى فكرة رائعة لأنها تعطى لزائرى المكتبة احساس الماضى. تحتوى قاعات المتحف على 1079 قطعة أثرية تخبرنا عن قصة مصر منذ ما قبل التاريخ حتى الفترة الاسلامية. تقدم لنا الأوراق البردية الأدب اليونانى واللاتينى، وعدد من التماثيل ورؤوس التماثيل التى تصور الفلاسفة والكتاب القدامى بالإضافة إلى الكثير من الموضوعات والتى ارتبطت بالحرف والقطع الفخارية التى تضىء لنا حياة الناس اليومية. كما يوجد قطع من اكتشافات الآثار الغارقة الحديثة فى موانىء المدينة القديمة أيضا فى متحف مكتبة الاسكندرية.