تبلغ مساحة قرية "بدخلو" الإجمالية لا تزيد على 30 كيلو متر، قديما كانت تسمى قرية "بيت خالة" نسبة إلى "بيت خالة" حاكم القرية في ذلك الوقت، ومع مرور الوقت تحول الإسم إلى "بدخلو".

قرية "بدخلو" سكنها الرومان عندما وفدوا إليها من الشمال والغرب واتخذوا القرية مخزنًا للغلال لإمداد روما بما تحتاجه من الحبوب، ومن مظاهر الحضارة الرومانية في القرية براعتهم في حفر الآبار والعيون التي ما يزال بعضها موجودًا حتى الأن بمسمياتها الرومانية مثل: بئر مسخرون، عين وريا، عين شلول وعندما انحسر الاستعمار الروماني عن مصر زالت الحضارة الرومانية ولم يبق من آثارها في المنطقة إلا تلك العيون والآبار.

مباني قرية "بدخلو" كانت مصممة قديما على ربوه عالية وسط القرية وكان يحيط بها سور له بابان أحدهما باب الدرب من الجهة القبلية والآخر كان يطلق عليه باب العرب من الجهة البحرية وعندما يغلق البابان في نهاية النهار يحظر تجوال أهل القرية حتى يتم فتحهما في صباح اليوم التالي.